A UFFS integra o Sistema de Seleção Unificada (Sisu) em toda a sua abrangência e disponibiliza, neste ano, 2.499 vagas em 62 cursos de graduação distribuídos entre seus cinco campi. No Campus Cerro Largo, serão ofertadas 335 vagas em 11 cursos de graduação pelo Sisu, reforçando o papel da universidade no acesso ao ensino superior público na região das Missões.
As inscrições para o Sisu 2026 começam no dia 19 e seguem até 23 de janeiro, podendo concorrer à vagas em universidades públicas quem realizou o ENEM 2025. O sistema contará com duas chamadas. As matrículas para os aprovados na primeira chamada devem ocorrer a partir do dia 13 de fevereiro. O início das aulas para o primeiro semestre letivo está previsto para o dia 2 de março.
Paralelamente ao Sisu, a UFFS mantém aberto o Processo de Seleção Simplificada. As inscrições tiveram início em novembro e seguem até o dia 4 de fevereiro. Nessa modalidade, é possível ingressar na universidade utilizando a nota do Enem de qualquer edição anterior ou por meio da avaliação do histórico escolar do Ensino Médio. Os estudantes concorrem às vagas remanescentes que não forem preenchidas pelo Sisu.
